PubMed

不要混淆PubMed Central.
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研究中心美国国家医学图书馆（NLM）
发布日期1996年1月; 26年前
使用权
网站PubMed.ncbi.nlm。NIH.gov

PubMed是免费的搜索引擎主要访问Medline数据库参考和摘要上生命科学和生物医学话题。这美国国家医学图书馆（NLM）国立卫生研究院维护数据库作为Entrez系统信息检索.[1]

从1971年到1997年，在线访问MEDLINE数据库主要通过机构设施，例如大学图书馆.[2]PubMed于1996年1月首次发行，迎来了私人，免费，家庭和基于办公室的MEDLINE搜索时代。[3]从1997年6月开始，PubMed系统免费向公众提供。[2]

内容

除MEDLINE外，PubMed还提供了：

许多PubMed记录包含了全文文章的链接，其中一些是免费的，通常是在PubMed Central[5]和本地镜子，例如欧洲PubMed Central.[6]

在NLM目录中找到有关MEDLINE索引的期刊的信息，并通过PubMed获得。[7]

截至2020年1月27日，PubMed有超过3000万的引用和摘要可追溯到1966年，有选择地到1865年，非常有选择地到1809年。，2000万PubMed的记录都列出了摘要，而2150万记录具有与全文版本的链接（其中有750万篇文章可用，免费提供）。[8]在过去的10年中（截至2019年12月31日），每年平均增加了近100万次新记录。PubMed中约有12％的记录对应于与癌症相关的条目，这些条目已从1950年代的6％增长到2016年的16％。[9]其他很大比例的记录对应于“化学”（8.69％），“治疗”（8.39％）和“感染”（5％）。

在2016年，NLM更改了索引系统，以便发布者能够直接纠正PubMed索引文章中的错别字和错误。[10]

据报导，PubMed包括在掠夺性期刊上发表的一些文章。用于选择数据库包含期刊的MEDLINE和PUBMED策略略有不同。PubMed Central在PubMed Central中索引期刊的弱点和程序可能会使掠夺性期刊的出版物泄漏到PubMed中。[11]

特征

网站设计

2009年10月推出了一个新的PubMed界面，并鼓励使用这种快速，类似Google的搜索配方；它们也被描述为“电报”搜索。[12]默认情况下，结果已按最近的最新分类，但是可以将其更改为最佳匹配，出版日期，第一作者，最后作者，日记或标题。[13]

PubMed网站设计和域名于2020年1月更新，并于2020年5月15日默认，并具有更新和新功能。[14]许多经常使用该网站的研究人员的关键反应。[15]

用于手持/手机的PubMed

可以通过手持设备访问PubMed/Medline，例如“微微”NLM创建的选项（针对重点的临床问题）。[16]还提供了对移动友好，简化的PubMed版本的访问权限的“ PubMed Mobile”选项。[17]

搜索

标准搜索

可以通过将主题的关键方面输入PubMed的搜索窗口来进行PubMed的简单搜索。

PubMed翻译此初始搜索公式，并自动添加字段名称，相关的网格（医学主题标题）术语，同义词，布尔运算符，并适当地“嵌套”所得的术语，从而显著增强搜索配方，特别是通过常规结合（使用OR OR（使用OR））运算符）文字和网格术语。

PubMed教程中给出的示例[18]演示此自动过程如何工作：

导致睡眠步行被翻译为（“病因” [副标准]或“病因” [所有字段]或“原因” [所有领域]或“因果关系” [网格术语]或“因果关系” [所有领域]）和（“ somnambulism” [网格术语]或“ somnambulism” [所有田野]或（“ sleep” [所有田野]和“ walking”（所有田野））或“睡眠步行” [所有田野]）

同样地，

柔软的攻击预防阿司匹林被翻译为（“心肌梗死” [网格术语]或（“心肌” [所有场]和“梗塞” [所有场]）或“心肌梗塞” [所有领域]或（“所有领域”）或（“心脏” [所有领域]和“所有领域）和”攻击“ [所有字段]）或“心脏病” [所有领域]）和（“阿司匹林” [网格术语]或“阿司匹林” [所有领域]）和（“预防和控制” [副标准]或（“预防” [所有字段]和“控制” [所有字段]）或“预防和控制” [所有领域]或“预防” [所有领域]）

全面搜索

为了在PubMed进行最佳搜索，有必要了解其核心组件，MEDLINE，尤其是用于索引Medline文章的网状（医学主题）受控词汇。他们还可能需要复杂的搜索策略，使用字段名称（标签），适当使用限制和其他功能；参考图书馆员和搜索专家提供搜索服务。[19][20]

仅建议对PubMed的搜索窗口进行搜索，以搜索尚未创建网格标题的明确主题或新干预措施，以及寻找药品和专有名词的商业品牌的搜索。当没有合适的标题或描述符代表部分方面时，它也很有用。使用词库网的搜索更为准确，并且将更少的无关结果。此外，它节省了自由文本搜索的缺点，在这种搜索中，必须考虑拼写，单数/复数或缩写差异。另一方面，最近将尚未分配描述符的文章合并到数据库中。因此，为了确保详尽的搜索，必须使用受控语言标题和自由文本术语的组合。[21]

期刊文章参数

当索引期刊文章时，将提取并将许多文章参数作为结构化信息存储。此类参数为：文章类型（网格术语，例如“临床试验”），次要标识符，（网格条款），语言，期刊或出版物历史记录（电子出版日期，印刷期刊出版日期）。

出版类型：临床查询/系统评价

发布类型参数允许通过出版物类型，包括各种临床研究的报告。[22]

次要ID

自2005年7月以来，MEDLINE文章索引过程从文章摘要中提取标识符，并将其放置在称为辅助标识符（SI）的字段中。次级标识符场是将登录编号存储到分子序列数据，基因表达或化学化合物和临床试验ID的各种数据库中。对于临床试验，PubMed提取了两个最大试验注册表的试验ID：临床Trials.gov（NCT标识符）和国际标准随机对照试验号登记册（IRCTN标识符）。[23]

也可以看看

可以标记特别相关的参考，可以标记“相关文章”。如果相关，可以选择几项研究，并使用“查找相关数据”选项生成（PubMed或任何其他NCBI Entrez数据库）。然后按“相关性”顺序列出相关文章。为了创建这些相关文章的列表，PubMed使用强大的单词加权算法比较了每个引文的标题和摘要以及分配的网格标题的单词。[24]“相关文章”功能被认为是如此确切，以至于论文的作者建议可以使用它代替完整的搜索。[25]

映射到网格

PubMed会自动链接到网格项和子标题。例子将是：“口臭”链接（并包括在搜索中）“漏洞”，“心脏病发作”到“心肌梗死”，“乳腺癌”与“乳腺癌”。在适当的情况下，这些网格项会自动“扩展”，也就是说，包括更具体的术语。诸如“护理”之类的术语自动与“护理[网格]”或“护理[副标题]”相关。此功能称为自动术语映射，默认情况下在自由文本搜索中颁布，但不是精确的短语搜索（即用双引号封闭搜索查询）。[26]此功能使PubMed搜索更加敏感，并通过补偿医学术语的多样性来避免虚假阴性（错过）命中。[26]

在以下情况下，PubMed不会对该术语进行自动映射：通过编写引用的短语（例如，“肾脏同种异体移植”），当在星号上截断时（例如，肾脏同种异体移植物*），以及使用现场标签查看时（例如，癌症[ti]）。[21]

我的ncbi

PubMed可选设施“我的NCBI”（带有免费注册）为

  • 保存搜索
  • 过滤搜索结果
  • 设置电子邮件发送的自动更新
  • 保存作为PubMed搜索一部分检索的参考集
  • 配置显示格式或突出显示搜索术语

以及多种其他选择。[27]可以从任何具有Web-Access的计算机访问“我的NCBI”区域。早期版本的“我的NCBI”被称为“ PubMed Cubby”。[28]

链接

LinkOut是NLM链接和提供全文本地期刊持有量的NLM设施。[29]大约3200个网站（主要是学术机构）参加了该NLM设施（截至2010年3月）， 从奥尔堡大学在丹麦Zymogenetics在西雅图。[30]这些机构的用户在PubMed搜索结果（如果期刊在该机构持有期刊）中查看其机构的徽标，并可以访问全文。由于2019年夏季的重大平台更新，链接正在与外部工具合并。[31]

PubMed Commons

2016年，PubMed允许作者的文章对PubMed索引的文章发表评论。此功能最初是在试点模式下（自2013年以来）测试的，并于2016年永久进行。[32]2018年2月，由于“用法仍然很少”，PubMed Commons被停止了。[33][34]

AskMedline

AskMedline是NLM开发的Medline/PubMed的自由文本，自然语言查询工具，也适用于手持式手持。[35]

PubMed标识符

有关使用Wikipedia中PubMed标识符的帮助，请参见Wikipedia：PMID。

一个PMID（PubMed标识符或PubMed唯一标识符）[36]是一个唯一的整数值， 开始于1，分配给每个PubMed记录。PMID与PMCID（PubMed Central标识符），它是在免费访问中发布的所有作品的标识符PubMed Central.[37]

将PMID或PMCID分配到出版物上，没有任何内容告诉读者内容的类型或质量。PMID被分配给给编辑的信，编辑意见，专栏列以及编辑选择在期刊中包含的任何其他作品以及经过同行评审的论文。标识号的存在也不能证明论文没有缩回欺诈，无能或不当行为。关于任何的公告更正将原始论文分配给PMID。

默认情况下，在PubMed搜索窗口中输入的每个数字都像PMID一样。因此，PubMed中的任何参考都可以使用PMID找到。

替代接口

Medline是可以通过PubMed访问的数据库之一。几家公司通过其平台提供了MEDLINE的访问权限。

国家医学图书馆将MEDLINE信息租赁给许多私人供应商，例如embase，Ovid，对话，EBSCO，知识发现者以及许多其他商业，非商业和学术提供者。[38]截至2008年10月，已经颁发了500多个许可证，其中200多个向美国以外的提供者发放了许可证。由于可以免费获得使用MEDLINE数据的许可，因此NLM实际上为广泛的范围提供了免费的测试场[39]PubMed的替代界面和第三方添加是一个非常大的专业策划数据库之一，可提供此选项。

Lu确定了28个当前和免费的基于Web的PubMed版本的样本，不需要安装或注册，这些版本分为四类：[39]

  1. 排名搜索结果，例如：Elblast; Medlineranker；[40]错误搜索；[41]
  2. 例如，主题，作者，期刊等的聚类结果：安妮·奥塔特；[42]集群;[43]
  3. 例如：EBIMED；[44]Medevi。[45]
  4. 改善搜索接口和检索经验，例如AskMedline[46][47]Babelmesh;[48]和PubCrawler。[49]

由于大多数和其他替代方案基本上依赖于NLM/PubMed租赁的PubMed/Medline数据，因此已经提出了“ PubMed衍生物”一词。[39]无需存储约90 GB的原始PubMed数据集，任何人都可以使用Eutils-application Program接口编写PubMed应用程序，如“深入的E-utilities：参数，语法等”中所述。[50]以PMID数字为输入的各种引用格式生成器是使用Eutils-Application程序接口的Web应用程序的示例。示例网页包括引用发生器 - 米克·施罗德（Mick Schroeder），PubMed引文发生器 - 一周的超声，pmid2cite， 和为我引用这个.

PubMed的数据挖掘

在PubMed中挖掘数据的替代方法，例如MATLAB，Python或者r。在这些情况下，PubMed的查询写为代码行并将其传递给PubMed，然后直接在编程环境中处理响应。代码可以自动化为具有不同关键字的系统查询，例如疾病，年份，器官等。最近的出版物（2017年）发现，PubMed的癌症相关条目的比例已从1950年代的6％上升到2016年的16％。。[9]

PubMed可访问的数据可以使用非官方工具（例如MEDOC）在本地进行反映。[51]

数百万PubMed记录增强了各种打开数据数据集关于开放访问， 喜欢Unmainwall。数据分析工具之类的工具Untaywall期刊图书馆用来协助大事取消：图书馆可以避免订阅已经瞬间提供的材料开放访问通过开放档案像PubMed Central。[52]

也可以看看

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外部链接