PubMed

PubMed
接触
研究中心 美国国家医学图书馆(NLM)
发布日期 1996年1月
使用权
网站 PubMed .ncbi .nlm .nih .gov

PubMed是一款免费的搜索引擎,主要访问有关生命科学生物医学主题的参考和摘要MEDLINE数据库美国国立卫生研究院的美国国家医学图书馆(NLM)将数据库维护为Entrez信息检索系统的一部分。

从1971年到1997年,在线访问MEDLINE数据库主要是通过大学图书馆等机构设施。 PubMed于1996年1月首次发行,迎来了私人,免费,家庭和基于办公室的MEDLINE搜索时代。从1997年6月开始向公众免费提供PubMed系统。

内容

除MEDLINE外,PubMed还提供:

  • 印刷版本的索引Medicus的较旧参考,可追溯到1951年和更早
  • 提到某些期刊在索引索引和Medline索引之前,例如科学BMJ手术年鉴
  • 在用医学主题标题(网格)索引并添加到​​MEDLINE之前,文章的最新记录条目
  • NLM记录的全文和其他子集的可用书籍集
  • PMC引用
  • NCBI书架

许多PubMed记录都包含指向全文文章的链接,其中一些是可以自由使用的,通常在PubMed Central和Local Rigrors,例如Europe PubMed Central

在NLM目录中找到了有关MEDLINE索引的期刊的信息,并通过PubMed获得。

截至2023年5月23日,PubMed拥有超过3500万的引用和摘要,可追溯到1966年,有选择地到1865年,非常有选择地到1809年。截至同一日期,PubMed的2460万记录列出了摘要,并且2680万张记录有与全文版本的链接(其中有1090万篇文章可免费提供)。在过去的10年中(结束于2019年12月31日),每年平均增加了将近一百万个新记录。

在2016年,NLM更改了索引系统,以便发布者能够直接纠正PubMed索引文章中的错别字和错误。

据报导,PubMed包括在掠夺性期刊上发表的一些文章。用于选择数据库包含期刊的Medline和PubMed策略略有不同。 PubMed Central在标准和索引期刊的弱点可能允许掠夺性期刊的出版物泄漏到PubMed中。国家医学图书馆回答说,可以将单个期刊文章包括在PMC中,以支持研究资助者的公共访问政策,并且有关期刊和出版商的严格政策确保NLM文献数据库的完整性。

特征

网站设计

2009年10月推出了一个新的PubMed界面,并鼓励使用这种快速,类似Google的搜索配方。它们也被描述为“电报”搜索。默认情况下,结果已按最近的最近进行排序,但是可以将其更改为最佳匹配,出版日期,第一作者,最后作者,日记或标题。

PubMed网站设计和域名于2020年1月更新,并于2020年5月15日默认,并具有更新和新功能。许多经常使用该网站的研究人员的关键反应。

用于手持/手机的PubMed

可以通过手持设备访问PubMed/Medline,例如使用NLM创建的“ PICO”选项(用于集中的临床问题)。还提供了对移动友好,简化的PubMed版本的访问权限的“ PubMed Mobile”选项。

搜寻

标准搜索

可以通过将主题的关键方面输入PubMed的搜索窗口来进行PubMed的简单搜索。

PubMed翻译此初始搜索公式,并自动添加字段名称,相关的网格(医学主题标题)术语,同义词,布尔操作员,并适当地“嵌套”所得的术语,显著增强搜索配方,特别是通过常规组合(使用或使用OR)运算符)文字和网格术语。

PubMed教程中给出的示例演示了此自动过程的工作方式:

导致睡眠步行被翻译为(“病因” [副标准]或“病因” [所有领域]或“原因” [所有领域]或“因果关系” [网格术语]或“因果关系” [所有领域])(“ somnambulism) “ [网格术语]或“ somnambulism” [所有领域]或(“睡觉” [所有田野]和“步行” [所有田野])或“ sleep walking walking”(所有田野))

同样地,

攻击阿司匹林预防被翻译为(“心肌梗死” [网格术语]或(“心肌” [所有场]和“梗塞”(所有田野))或“心肌梗塞” [所有田野]或(所有田野)字段]和“攻击” [所有领域])或“心脏病发作”(所有领域))(“阿司匹林”(网格术语)或“阿司匹林”(所有领域))(“预防和控制” [副标题]或(“预防” [所有字段]和“控制” [所有字段])或“预防和控制” [所有领域]或“预防” [所有领域])

全面搜索

对于PubMed中的最佳搜索,有必要了解其核心组件,MEDLINE,尤其是用于索引Medline文章的网状(医学主题)受控词汇。他们还可能需要复杂的搜索策略,使用字段名称(标签),适当使用限制和其他功能;参考图书馆员和搜索专家提供搜索服务。

仅建议对PubMed的搜索窗口进行搜索,以搜索尚未创建网格标题的明确主题或新干预措施,以及搜索商业品牌的药品和专有名词。当没有合适的标题或描述符代表部分方面时,它也很有用。使用词库网的搜索更为准确,并且会产生更少的无关结果。此外,它节省了自由文本搜索的缺点,其中必须考虑拼写,单数/复数或缩写差异。另一方面,最近将文章纳入了尚未分配描述符的数据库中。因此,为了确保详尽的搜索,必须使用受控语言标题和自由文本术语的组合。

期刊文章参数

当索引期刊文章时,将提取并将许多文章参数作为结构化信息存储。此类参数为:文章类型(网格术语,例如“临床试验”),二级标识符,(网格术语),语言,期刊或出版物历史记录(电子出版日期,印刷期刊出版日期)。

出版类型:临床查询/系统评价

出版物类型参数允许按出版物类型进行搜索,包括各种临床研究的报告。

辅助ID

自2005年7月以来,MEDLINE文章索引过程从摘要中提取标识符,并将其放置在称为二级标识符(SI)的领域中。次级标识符场是将登录数存储到分子序列数据,基因表达或化学化合物和临床试验ID的各种数据库中。对于临床试验,PubMed提取了两个最大试验登记处的试验ID:ClinicalTrials.gov(NCT标识符)和国际标准随机对照试验号寄存器(IRCTN标识符)。

也可以看看

可以标记特别相关的参考,可以标记“相关文章”。如果相关,可以选择几项研究,并使用“查找相关数据”选项生成(PubMed或任何其他NCBI Entrez数据库)。然后按“相关性”顺序列出相关文章。为了创建相关文章的这些列表,PubMed使用强大的单词加权算法比较了每个引用标题和摘要的单词,以及分配的网格标题。 “相关文章”功能被认为是如此确切,以至于论文的作者建议可以使用它代替完整的搜索。

映射到网格

PubMed会自动链接到网格术语和子标题。例子将是:“口臭”链接(并包括在搜索中)“漏洞”,“心脏病发作”到“心肌梗死”,“乳腺癌”与“乳腺癌”。在适当的情况下,这些网格术语将自动“扩展”,即包括更具体的术语。诸如“护理”之类的术语自动与“护理[网格]”或“护理[副标题]”相关。此功能称为自动术语映射,默认情况下,在自由文本搜索中颁布,但不是精确的短语搜索(即用双引号封闭搜索查询)。此功能使PubMed搜索更加敏感,并通过补偿医学术语的多样性来避免假阴性(错过)命中。

在以下情况下,PubMed不会对该术语进行自动映射:通过编写引用的短语(例如“肾脏同种异体移植”),当在星号上截断时(例如,肾脏同种异体移植物*),以及使用现场标签时(例如,例如,癌症[Ti])。

我的ncbi

PubMed可选设施“我的NCBI”(带有免费注册)为

  • 保存搜索
  • 过滤搜索结果
  • 设置电子邮件发送的自动更新
  • 保存作为PubMed搜索一部分检索的参考集
  • 配置显示格式或突出显示搜索术语

以及多种其他选择。可以从任何具有Web-Access的计算机访问“我的NCBI”区域。较早的“我的NCBI”版本称为“ PubMed Cubby”。

链接

LinkOut是NLM的设施,可链接并提供全文本地期刊持有量。大约3200个地点(主要是学术机构)从丹麦的奥尔堡大学(Aalborg University)到西雅图的Zymogenetics参加了该NLM设施(截至2010年3月)。这些机构的用户在PubMed搜索结果(如果期刊在该机构持有期刊)中查看其机构的徽标,并可以访问全文。随着2019年夏季的重大平台更新,链接正在与外部工具合并。

PubMed Commons

2016年,PubMed允许文章的作者对PubMed索引的文章发表评论。该功能最初以试点模式(自2013年以来)进行了测试,并于2016年永久进行。2018年2月,PubMed Commons因“使用率保持最小”的事实而停产。

AskMedline

AskMedline是NLM开发的Medline/PubMed的自由文本,自然语言查询工具,也适用于手持式手持。

PubMed标识符

PMID (PubMed标识符或PubMed唯一标识符)是一个唯一的整数值,从 1,分配给每个PubMed记录。 PMID与PMCID (PubMed Central标识符)不同,该标识符是在自由访问PubMed Central中发布的所有作品的标识符。

将PMID或PMCID分配到出版物上,没有任何内容告诉读者内容的类型或质量。 PMID被分配给给编辑的信件,编辑意见,专栏列以及编辑者选择在期刊中包括的任何其他作品以及同行评审的论文。识别号的存在也不能证明尚未撤回欺诈,无能或不当行为的论文。有关原始论文的任何更正的公告可以分配给PMID。

默认情况下,在PubMed搜索窗口中输入的每个数字都像PMID一样。因此,PubMed中的任何参考都可以使用PMID找到。

替代接口

Medline是可以通过PubMed访问的数据库之一。几家公司通过其平台提供了MEDLINE的访问权限。

国家医学图书馆将MEDLINE信息租赁给许多私人供应商,例如EmbaseOvidDialogEBSCO ,知识发现者以及许多其他商业,非商业和学术提供者。截至2008年10月,已经颁发了500多个许可证,其中200多个向美国以外的提供商发放了许可证。由于可以免费获得使用MEDLINE数据的许可,因此NLM实际上为广泛的替代接口和PubMed的第三方添加提供了免费的测试场,这是少数大型,专业策划的数据库之一,提供此选项。

Lu确定了28个当前和基于Web的免费PubMed版本的样本,不需要安装或注册,这些版本分为四类:

  1. 排名搜索结果,例如: Etblast ; Medlineranker;错误搜索;
  2. 主题,作者,期刊等的聚类结果,例如: Anne O'Tate ;群集;
  3. 例如:EBIMED; Medevi。
  4. 例如,提高了搜索界面和检索经验,例如AskMedline Babelmesh;和PubCrawler。

由于这些和其他替代方案中的大多数基本上依赖于NLM/PubMed许可下租用的PubMed/Medline数据,因此建议使用“ PubMed衍生物”一词。无需存储约90 GB的原始PubMed数据集,任何人都可以使用Eutils-application Program接口编写PubMed应用程序,如“深入的E-utilities:参数,语法等”中所述。以PMID为输入的各种引用格式生成器是使用Eutils-application程序接口的Web应用程序的示例。示例网页包括引用生成器 - Mick SchroederPubMed引用发生器 - 一周的超声波PMID2Cite ,并为我引用

PubMed的数据挖掘

挖掘PubMed中数据的替代方法使用编程环境,例如MatlabPythonR。在这些情况下,PubMed的查询被写为代码行并传递给PubMed,然后直接在编程环境中处理响应。代码可以自动化以使用不同的关键字(例如疾病,年,器官等)自动查询。

PubMed可访问的数据可以在本地使用非官方工具(例如MEDOC)进行反映。

数以百万计的PubMed记录增强了有关开放访问的各种开放数据集,例如UntayWall 。图书馆使用诸如Untaywall期刊之类的数据分析工具来协助大规模取消:库可以避免通过PubMed Central等开放式档案即可订阅已经为即时开放访问提供的材料订阅。

也可以看看